SCIEX和Illumina 共同研發整合蛋白質組學（xué）和基因（yīn）組學

近（jìn），美國的三個研（yán）發機構發布了分析和比較蛋白質組學（xué）和（hé）基因組學數據的新應用，這些應（yīng）用方（fāng）法是OneOmics項目的一部分。OneOmics是Illumina和SCIEX的（de）合作項（xiàng）目。

為了消除不同組學（xué）之間的信息壁壘，OneOmics項目將SCIEX基於新一代蛋白質組學 的SWATH 采集係統和Illumina公司基於BaseSpace雲計算（suàn）的新一代測序數據相（xiàng）結合。Advaita Bioinformatics注：最（zuì）小抗拉強（qiáng）度值不是鏈（liàn）條的工作載荷公司、係統生物學研（yán）究所和耶魯大學的研究人員也在（zài）采用（yòng）SWATH蛋白質組學數據開發雲技術對與國內實驗機廠家來講的應（yīng）用程（chéng）序（xù）和數（shù）據（jù）庫。

係統生物學研究所副教授Rob Moritz帶領團隊開發了SWATHAtlas Ion Library Gen"飛機（jī）減重能夠節省燃（rán）料本（běn）錢erator應用程（chéng）序，它提供了快捷進入ISB數據庫的（de）方法，為具有SWATH采集係統的NGP服務（wù）。目（mù）前，ISB數據庫已經包括了人、酵母和結核杆菌蛋白質組（zǔ）數據庫。我們很高興成為SCIEX和Illumina合作項目的一部分， Moritz說，ISB和整個學術界開發的這些應用程（chéng）序提供了一個強大（dà）的解決方案，這不（bú）僅（jǐn）給蛋白質組學研究道路帶來很（hěn）大影響，而且將會建成（chéng）係統生物學數據係統。

Advaita公司為BaseSpace平台研發了iPathwayGuide分析包。該應用分（fèn）析（xī）包可以用作生化途（tú）徑分析、GO分析、miRNA預測、藥物和疾病分析。它簡化了從整合蛋白質組學、轉錄組學數據庫（kù）尋找生物數據的過程，並將有助於推進生物標誌物的發現和疾病研究。

耶魯大學的Chris Colangelo和Rob Kitchen共同為BaseSpace平台開發了RNASeq應用程序。這個應用程序能將一個Illumina的RNASeq實驗數據轉換為一種（zhǒng）蛋白質（zhì）數（shù）據組，得到的數據可以為建立SCIEX SWATHTM采集係統數據庫。因此，它（tā）是一個更有針對性的（de）蛋（dàn）白質組學分析方法，這（zhè）對某特殊疾病的遺傳學研究者來說非（fēi）常（cháng）有（yǒu）用。這一係列工作流（liú）程是係統生物學研究的普通需（xū）求，但直到現在（zài）隻有少數專業的實（shí）驗室能滿足這些複雜的生物信息學條款。

SWATHTM采集係統使研究人員能夠（gòu）準確、多次（cì）的從成百的樣品中定量數以千計的蛋白質，從而得到在（zài）不同（tóng）環境刺激（jī）下蛋白質組的變化等（děng）非常（cháng）有意（yì）義的結論（lùn）。 SCIEX公司的理論與臨床研究業務總監 Aaron Hudson說，下一步是將得到的這些蛋（dàn）白質組學的結論與基（jī）因組學和轉錄組學（xué）等其他組學的結論整合在一起。此項目的三家合作機構ISB、耶魯大學和Advaita Bioinformatics公司都推出了免費的應用程序（xù），這些（xiē）應用程序對此工作方法的深入實驗室很有幫助，同時也鋪設了通向橫跨生命科學中兩大領域的標準化數據（jù）分析的（de）道路（lù）。

編譯：郭浩楠