Oxford Nanopore開發連接（jiē）智（zhì）能的（de）納米孔測（cè）序儀

訊

牛津納（nà）米孔技術公司透露，正在開發一種連接智能使用（yòng）的（de）納米孔傳感器（qì），用於（yú）DNA測序和其他應用（yòng）中。公（gōng）司還對其他研（yán）發中的（de）新產（chǎn）品進行（háng）了介紹。另（lìng）外，該公司成立了一家（jiā）分公司，名為GenomeFoundry，關（guān）注合成生物學的應用。

開發（fā）連接智能（néng）使用的納米孔儀器SmidgIon

公司首（shǒu）席（xí）技術官（guān）CliveBrown透露（lù），這款新型納米孔儀器稱作SmidgIon，正（zhèng）處於早期研（yán）發階段，預計在2017年末可以投入使用。該產品同樣將使（shǐ）用（yòng）應用於MinIon和PromethIon儀器的核心納（nà）米孔傳感技（jì）術，但是該儀器將比MinIon更小，每個flowcell中有256個channel，可以（yǐ）連接到智能上或者其他低功率儀器上，用於感應DNA、RNA或蛋（dàn）白質。

據公司透（tòu）露，SmidgIon可應用於更加廣泛的領域，包括疾病爆發中的病原體監測，分析環境樣本或者（zhě）農業樣本，對於野生動植物或木材（cái）進行實時物種鑒定。

其他正在開發中的產品

Brown說，另一（yī）個處於早期研發階段的產品稱（chēng）作ProjectZumbador，該產品將生物學樣本的核酸提取和文庫製備結合但是每種製品所要求的材料特性不1到（dào）一個設備中，將在第三季度發布。

公司同時還（hái）在研發MinIon和PromethIon上直接進行RNA測序的kits，這項產（chǎn）品計劃在（zài）接下來的（de）幾個月內提供給。公司表（biǎo）示，該產品（pǐn）可利用adapter和馬達蛋白控製RNA移位（wèi），指導（dǎo）RNA進入納米孔（kǒng）。Oxford使用這種方法已（yǐ）經對（duì）來自人類鼻病毒的RNA進行了測序，並表示直接進行RNA測序可以檢測到（dào）RNA上的甲基化（huà）修飾。

另外一個產品VolTrax是一款樣本製備（bèi）儀器，將在今年秋（qiū）天提前供（gòng）應給（gěi）目前使用（yòng）Oxford納（nà）米（mǐ）孔測（cè）序平台的客戶。公司表（biǎo）示（shì），便於操縱首批發布的儀（yí）器VolTrax將依附在一個小型USB儀器上，然後（hòu）附著於MioIon或者PromethIon儀器上。

OxfordNanopore同樣還計劃不久後實現進口（kǒu）下（xià）滑其實不意（yì）味著國外裝（zhuāng）備使用率降落MinKonw平台堿基識別軟件的本地使用。

台PromethIon近期已經出貨

Brown說，台（tái）PromethIon近期已經出貨給客戶了，他還展示了該平台的一些內部數據，共使用了48個flowcell，每個flowcell中含有3000個channel。使用R9試劑，每個納米孔（kǒng）每秒測序250個堿基，準確率和小孔利用率都與MinIon一致（zhì）。該係統目前的性能是運行48小時產（chǎn）生6.2Tb數據，將來會進一步增加至12.4Tb。根據Brown的報（bào）告，公司目前正在調試軟件用於控製大型數據集的堿基實時識（shí）別，優化芯片表麵化學試劑以及生產流程，並開發一種快速的堿基識別程序。

全部使用新型納米（mǐ）孔R9

除此之外，Brown表示，OxfordNanopore已經不再出售R7納米孔的flowcell，現在已（yǐ）經全部替換成R9納米孔（kǒng）的flowcell，R9即CsgG，近得到比利時VIB研究所和倫敦大學學院授權（quán）。Brown補充道，新型的flowcell還整合了堅固的膜（mó）和一個更新的解旋酶（méi）馬達蛋白。公（gōng）司使用新的flowcell測序得到（dào）的長讀長為500kb，目前主要關注於提升通量和同聚物識別（bié）能力。

公司在一份聲（shēng）明（míng）中（zhōng）指出（chū），R9係（xì）統具有更高的準確率，尤其是對於1Dreads，這種reads僅讀取DNA的一條（tiáo）鏈。新型堿基識別軟件不同於以往的隱（yǐn）馬爾可夫模型，它是基（jī）於神經絡模型，進一步提升了準確率（lǜ）。R9型flowcell測序時，每個納米孔每秒測序（xù）250個堿（jiǎn）基，而R7型每秒多測定70個堿基，因此公司表示換用（yòng）R9型flowcell後MinIon將產出更多（duō）的數據。Brown說，目前1Dreads的準確率為90，2Dreads準（zhǔn）確率為95。

與R9型flowcell配套，公司正在推出一（yī）種快（kuài）速測（cè）序kit。用該kit建庫隻需要10分（fèn）鍾，而且使（shǐ）用（yòng）的耗材比以前更少，MinIon運行開始後馬上進行數據分析。公司聲明（míng）中表示，目前許多早（zǎo）期客戶正在測試這款快速測序kit，它將很快推出市場。

成立分（fèn）公司GenomeFoundry

Brown後提到了（le）OxfordNanopore的一家新的分公司GenomeFoundry，該公司旨在開（kāi）發（fā）一種（zhǒng）用（yòng）於合成生物學的MinIon，使用（yòng）專有的、非亞（yà）磷酰胺的（de）DNA合成試劑。公司的目的是為了使用類似於VolTrax的儀器開發長鏈DNA分子。