Oxford Nanopore開發連接智能的納（nà）米孔測序儀

訊

牛津（jīn）納米（mǐ）孔技術公司（sī）透露，正在開（kāi）發一種連接智能使用的納米孔傳感器，用於DNA測序和其他應用中。公司還對其他研發中的新產品進行了介紹。另外，該公（gōng）司成立了（le）一家分公司，名為GenomeFoundry，關注合成生物學的應用。

開發連接（jiē）智能使（shǐ）用的（de）納米孔儀器SmidgIon

公司（sī）首席技術官CliveBrown透露，這款新型納米孔（kǒng）儀器稱作SmidgIon，正處於早期研發階段（duàn），預計在2017年末可以投入使用。該產品同樣將使用應用（yòng）於MinIon和PromethIon儀器的核心（xīn）納米孔傳感技術，但是該儀器將比MinIon更小，每個flowcell中有256個channel，可以連接到智能（néng）上或者其他低功率儀（yí）器上，用於感應DNA、RNA或蛋（dàn）白質。

據公司（sī）透（tòu）露，SmidgIon可應用於更加廣泛的領域，包括疾病爆發中的病原體監測，分析環（huán）境樣（yàng）本或（huò）者農業樣本，對於野生動植物或木材進行實時物種鑒定。

其（qí）他正在開發中的產品

Brown說，另一個處於早期（qī）研發階段的產品稱作（zuò）ProjectZumbador，該產品將生物學樣本的核酸提取和文庫（kù）製備結合但是每種製品所要求的材料特性不1到一個設備中，將在第三季度發布。

公司同時還（hái）在研發MinIon和PromethIon上直接（jiē）進（jìn）行RNA測序（xù）的kits，這項（xiàng）產品計劃在接下（xià）來的幾個月內提供給。公司表（biǎo）示，該產品可利用（yòng）adapter和馬達蛋白控製RNA移位，指（zhǐ）導RNA進入納米孔。Oxford使用這種方法已經對來自人類鼻病毒的（de）RNA進（jìn）行了測序，並表示直接（jiē）進行RNA測序可以檢測到RNA上的甲基化修飾。

另外一個產（chǎn）品VolTrax是一款樣本製備儀器，將在今年秋天提前供應（yīng）給目前使用Oxford納米孔測序平台的客戶。公司（sī）表示，便於操縱首批發布的儀器VolTrax將依附在一個小型（xíng）USB儀（yí）器（qì）上，然後附著於MioIon或（huò）者PromethIon儀器上。

OxfordNanopore同樣還計劃不久後實現進口下滑其實（shí）不意（yì）味著國外裝備使用率降落（luò）MinKonw平台堿基（jī）識別軟件的本地使用。

台PromethIon近期已經出貨（huò）

Brown說，台PromethIon近期已經出貨給客（kè）戶了，他還展示（shì）了該平台的一些內部（bù）數據，共使用（yòng）了48個flowcell，每個（gè）flowcell中含有3000個channel。使用R9試劑，每個納（nà）米孔每秒測序250個堿（jiǎn）基（jī），準確率和小孔利用率都與MinIon一致。該係統目前的性能是運行48小（xiǎo）時產生6.2Tb數據，將來（lái）會進一步增加至12.4Tb。根據Brown的報告，公（gōng）司目前正在調試軟件用於（yú）控製（zhì）大型數據集的堿基（jī）實時識別，優化芯片表麵化學試劑以及生（shēng）產流程，並開發一種快速的堿基識別程序。

全部使用（yòng）新型納米孔R9

除此之（zhī）外，Brown表示，OxfordNanopore已經不（bú）再出售R7納米孔的flowcell，現在已經全部替換成（chéng）R9納米孔的flowcell，R9即CsgG，近得到比利時VIB研究所（suǒ）和倫敦大學學院授權。Brown補充道，新型的flowcell還整合了堅固的膜和一個更（gèng）新（xīn）的解旋酶（méi）馬達蛋白。公司使（shǐ）用新的flowcell測序得到的長讀（dú）長為500kb，目前主要關注於提（tí）升通量和同聚物識別能力。

公司在一份聲明中指出，R9係統具有更高的準確率，尤其是對於1Dreads，這種reads僅讀取DNA的一條鏈。新型堿基識別軟件不同於以往的隱馬（mǎ）爾可夫模型，它是基於神（shén）經絡模型，進一步提升了準（zhǔn）確率。R9型flowcell測序時（shí），每個納米孔每秒測序250個堿基，而R7型每秒多測定70個堿基，因此公司表示換用R9型flowcell後MinIon將產出更多的數據。Brown說，目前1Dreads的準（zhǔn）確率為90，2Dreads準（zhǔn）確（què）率為95。

與R9型flowcell配套，公司正在推出一種快速測序kit。用該kit建庫隻需要10分鍾，而且（qiě）使（shǐ）用的耗（hào）材比以（yǐ）前更少，MinIon運行開始後馬上進行數據分析。公司聲明中表示，目前許多早期客戶正在測試這款快速測序kit，它將很快推（tuī）出市場。

成立分公司GenomeFoundry

Brown後提到了OxfordNanopore的一家新的分公司GenomeFoundry，該（gāi）公司旨在開發一種用於合成生物學（xué）的MinIon，使（shǐ）用專有的、非（fēi）亞磷酰胺的DNA合成試劑。公司的目的是為了使用類似於VolTrax的儀器開發長（zhǎng）鏈DNA分子。